L’Università tecnica della Danimarca ha creato un grande database aperto a tutti, per rendere più efficace la lotta ai microrganismi che non rispondono agli antibiotici (una delle sfide, in costante crescita, più difficili da affrontare per la medicina).
L’hanno chiamato Resistoma, utilizzando quel suffisso “oma” molto popolare in ambito scientifico, che indica un insieme di entità accomunate da caratteristiche simili (per esempio, nel caso del proteoma, tutte le proteine di un certo sistema biologico).
In questo caso, la prima parte del termine aiuta a capire di che cosa si sta parlando: di qualcosa che resiste. In particolare, di batteri che resistono agli antibiotici, censiti, analizzati e ordinati in un grande database messo a punto dai ricercatori del National Food Institute della Technical University of Denmark, come se fosse una versione specifica di Wikipedia: una piattaforma “aperta”, cioè, che d’ora in avanti potrà essere arricchita da chiunque desideri farlo, purché segua le regole di base e i sistemi di inserimento previsti e illustrati sulla rivista scientifica PloS Biology.
L’iniziativa ha riscosso molto successo, perché costituisce un primo passo cruciale per affrontare – molto meglio di quanto non sia stato fatto finora – quella che, secondo numerosi osservatori, sarà l’emergenza dei prossimi anni, e che in parte è già evidente: la diffusione di ceppi di batteri, funghi e altri microrganismi resistenti agli antibiotici oggi disponibili, talvolta a tutti quelli esistenti.
Finora, invece, ci si è sempre basati su segnalazioni isolate che, pur essendo molto più condivise di un tempo grazie a internet, non seguivano regole specifiche e non erano sempre accessibili. Anzi, a volte passavano quasi inosservate e in definitiva erano poco utili ai fini della prevenzione.
Ma, come ha dimostrato la rapidissima diffusione del coronavirus SARS-CoV-2 (responsabile del Covid), del virus del vaiolo delle scimmie e di quello dell’influenza aviaria (per citare solo alcune delle crisi più recenti), i patogeni impiegano pochissimo tempo a colonizzare tutta la Terra, soprattutto quando non sono intercettati in modo rapido.
Quindi, l’unica speranza di prevenire un’epidemia o una pandemia è quella che si basa su strategie in grado di isolare il microrganismo patogeno ed evitare che si diffonda. E questo è vero, a maggior ragione, per i batteri resistenti all’attacco degli antibiotici, che presentano un’ulteriore aggravante: i tratti di materiale genetico che codificano per la resistenza possono diffondersi in modo “trasversale” tra animali, esseri umani e ambiente.
300 terabyte di dati
Per dare il via al Resistoma, i ricercatori danesi hanno inserito i dati genetici di ben 214.000 campioni di microbioma (altra parola con il suffisso -oma, che indica tutte le popolazioni di microrganismi presenti in un certo ambito) provenienti da un archivio chiamato European Nucletotide Archive all’interno del quale sono state depositate, negli anni, le sequenze di batteri resistenti trovati in vari organi del corpo umano, ma anche in diversi tipi di animali domestici, nel suolo, nel sottosuolo, nelle fognature, nelle acque libere e così via.
Le informazioni relative ai 214.000 campioni occupano quasi 300 terabyte (300.000 miliardi di byte): una quantità notevole di dati, che richiedono mesi per essere analizzati in modo completo su un computer ad alte prestazioni.
Mappa dei luoghi più a rischio
È emersa così una prima fotografia della situazione, che già aiuta a capire dove sono diffuse oggi le resistenze, in quali batteri compaiono e quali sono i tratti del codice genetico che le supportano. Si è visto, per esempio, che i ceppi resistenti sono concentrati nei Paesi più industrializzati, dove da anni c’è un abuso di antibiotici soprattutto negli allevamenti di animali da carne: quindi in tutti gli Stati Uniti, e in quasi tutta l’Europa, e poi in zone più circoscritte dell’Australia, della Cina, dell’India e della penisola Arabica.
Tutto ciò può aiutare a mettere in campo strategie preventive, o a sostenere proposte come quella di vietare l’uso massiccio e preventivo degli antibiotici negli allevamenti, come già avvenuto in Europa, ma solo in parte negli Stati Uniti.
